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Ejecución de simulaciones rentables de GROMACS mediante instancias de spot de Amazon EC2 con AWS ParallelCluster

Ejecución de simulaciones rentables de GROMACS mediante instancias de spot de Amazon EC2 con AWS ParallelCluster


Esta publicación fue aportada por Santhan Pamulapati, arquitecto de soluciones, y Sean Smith, arquitecto de soluciones sénior en AWS.

GROMACS es un popular paquete de software de código abierto diseñado para simulaciones de proteínas, lípidos y ácidos nucleicos. Para realizar las simulaciones de manera efectiva, los usuarios pueden necesitar acceso a un entorno informático de alto rendimiento (HPC). AWS proporciona dicho entorno de HPC a través de AWS ParallelCluster y en el talleres anterioreshemos mostrado ejemplos de ejecución de simulaciones de GROMACS con AWS ParallelCluster.

Mediante el uso Instancias de spot de Amazon EC2 para simulaciones, puede ejecutar simulaciones GROMACS de manera rentable y ahorrar hasta un 90 % del precio bajo demanda. La ventaja de las instancias de spot es que se pueden interrumpir en cualquier momento con una advertencia de 2 minutos.

Según la complejidad de la simulación, el tiempo de ejecución puede ser de horas o incluso de varios días. A medida que crece el tiempo de ejecución de la simulación, su riesgo de interrupción aumenta potencialmente. Por lo tanto, se vuelve crítico preservar el progreso de la simulación a medida que se completa. La simulación de puntos de control es una forma de lograr esto. Al combinar los puntos de control nativos de GROMACS con las instancias de Spot, puede reanudar las simulaciones y perder un progreso mínimo si experimenta una interrupción. Las instancias puntuales ofrecen una solución de escalado alternativa a un enfoque de unidad de procesamiento de gráficos (GPU) acelerada.

Descripción general de la solución

En esta publicación, demostramos que al combinar los puntos de control de GROMACS con la fijación de precios al contado y la programación con Slurm, diseñamos una solución rentable para ejecutar simulaciones de GROMACS. Creamos la solución con GROMACS instalado en AWS ParallelCluster.

requisitos previos

Se recomiendan los siguientes requisitos previos:

  • Cuenta de AWS con la adecuada privilegios de usuario en un entorno de prueba
  • Familiaridad con la implementación de AWS ParallelCluster como se describe en el Taller de HPC de AWS
  • Familiaridad con la ejecución de simulaciones GROMACS en un entorno Linux

Tutorial de la solución

En esta sección, mostramos una configuración de ejemplo para comenzar con GROMACS con puntos de control e instancias de spot. Esta solución funciona para ejecuciones de instancias de un solo nodo y de varios nodos. La configuración de muestra implica los siguientes pasos:

Cree e implemente AWS ParallelCluster con instancias de spot

AWS ParallelCluster organiza y administra clústeres de HPC en la nube de AWS. En esta publicación, se implementa un clúster basado en Slurm mediante AWS ParallelCluster con un nodo principal y varios nodos trabajadores de instancias puntuales. Para crear e implementar AWS ParallelCluster con instancias de spot, consulte Documentación de AWS ParallelCluster. Una plantilla de ejemplo con tipo de capacidad SPOT es la siguiente…

Leer el blog completo aprender más. Recordatorio: puede aprender mucho de los ingenieros de HPC de AWS si se suscribe al Canal de YouTube corto de HPC Techy siguiendo el Canal de blogs de HPC de AWS.



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